毁灭战士II的故事紧接着前作展开，玩家被再次带到了一个无名的火星空间内（事实上在毁灭战士小说内被称为Flynn Taggart），在这里需要闯出一条从这个地狱逃离的路。在Phobos进行了殊死搏斗，并且摧毁了Deimos和整个地狱后，玩家扮演的战士终于回到了地球，但是紧接着发现自己沦为了外星人侵略的一个受害者。
玩家将会在全三维的关卡中穿行（不包括两个秘密关卡），在途中玩家会知道所有地球劫后余生的人们都被聚集到了一个时空传送带中，玩家必须带领他们冲出禁锢。