游戏剧情延续了《UFO: Aftershock》的结局，舞台背景设定在火星的人类定居点，在第一代作品中，一艘巨大的飞船悄然出现在地球上空，飞船不停释放出的一团一团的孢子云，逐渐弥漫了整个地球的上空，从“黎明期”到“黄昏期”，短短几天过去了，孢子云的危害慢慢显露出来，空气变得越来越稀薄，水源遭到了污染，地球上大多数高级生物都濒临灭绝的危机。

外星人入侵的速度是如此之快，世界各国政府还没来得及作出任何反应，危险就已降临整个地球，只有一小部分人能幸存下来，他们躲藏在密闭的地底，而大多数的人类只能等待死亡的到来。在第二代作品中，人类已经离开了自己的家园地球，他们开始找寻适合居住的殖民星，他们来到了火星，虽然居住在此殖民地的人们能有进一步发展科学技术和文明的空间，但最基本的生存才是他们主要关心的，而火星能提供给所有人类生存需要的空气、水和食物，自此人类开始了在火星上数年的生活。

新作的时间设定在未来的2142年，在火星上，人们唯一的活动就是在居住地附近进行研究活动，以此证明高度发达的现代科技文明以远远超过远古文明。随着研究工作的开展，大大影响了居住的环境，不幸终于发生，一群来自远古文明的机器人军团为了保护数百年前的建造，他们大举侵袭火星，机器人军团唯一的目的就是消除在火星上留下的任何其他文明的痕迹。

也正因外来文明的入侵，人类有更好的理由来发展火星，尽管不知道该行星的自卫机制能否抵御的住外来侵略者，人类决定不打开超太空跳跃门（Hyperspace Gate），太空门的开启将会带来更强大的敌人，人们试图联络其他地球幸存的人类，以乞求获得帮助，在所有的尝试失败之后，殖民地的居民根本没有任何其他选择，只能选择一起留下来，他们决心用自己的方法来对抗敌人或被消灭