《潜行者：普里皮亚季的召唤》（S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat）的故事剧情发生在《切尔诺贝利的阴影》的故事之后，Pripyat是乌克兰的一个城镇名字，是切尔诺贝利事件的隔离区，它是一座被废弃的城市，具体在乌克兰首都基辅以北的区域，民间有“鬼城”之称，现时Pripyat市已经成为了一个旅游景点。显然，新版S.T.A.L.K.E.R.游戏的舞台就在这里搭建。

俄国政府决定举行大规模号称“航道”的军事行动，探索通往变异区中心的大路，旨在将CNPP控制于股掌之中。

根据行动计划，第一个小队将被派遣对整个变异区进行空中侦察，标绘出各变异点位置的详细布局。此后再利用此地图，把大部队开进到里面。

尽管准充分备，行动还是失败了。打头阵的大多数直升机都已坠毁。为了收集行动失败的内幕资料，乌克兰的安全部门将特工派到变异区中心。从这时起，一切都由玩家做主了。